Biologie: homologe Rekombinationen

[mFedi]

Servus,
Ich wollte mal fragen, ob hier jemand einen Vorschlag hat, wie man mehrere DNA-contigs miteinander vergleichen kann mit einem Programm, welches einem auch gleichzeitig aufzeigt, welche homologen Rekombinationen geschehen sind.
Bsp.:
Sequenz1 hat ABCDEFG
Sequenz2 hat DCABFGE
Sequenz3 hat CABDEFG

eine graphische Aufarbeitung mit tollen Kontrastfarben wäre klasse! Hat jemand evtl. einen Vorschlag?

[Monk]

http://www.forum-3dcenter.org/vbulletin/showthread.php?t=94880 ;(

[mFedi]

http://www.forum-3dcenter.org/vbulletin/showthread.php?t=94880 ;( ABITUR2006 !!!
So, Du hast also gerade Dein Abitur gemacht! Nett, dann können wir uns ja jetzt über Blast-Algorithmen unterhalten und Du kannst mir jetzt bestimmt einen wohlgemeinten Link auf eine Problemlösung geben, die mir wirklich weiter hilft!

An alle anderen: Ich suche etwas für obige Problemlösung , welche für das Alignment von zumindest drei abhängigen Sequenzen Visualisierungen bietet. Als Anhaltspunkt kann ich mal folgenden Link setzen: http://genopole.toulouse.inra.fr/blast/wblast2.html

[Milton]

Schau mal auf der EBI homepage:
http://www.ebi.ac.uk/Tools/
Die haben zum Beispiel Clustal: http://www.ebi.ac.uk/clustalw/index.html
und auch ein Visualisierungstool dazu (http://www.jalview.org/).

Ansonsten einfach googlen nach "Sequence Alignment". Kommerzielle Standalone Programme die das auch können sind z.B. DNAStar und DNAMAN, vielleicht hat Deine Uni ja eine Lizenz.
Davon abgesehen ist das hier wohl nicht das richtige Forum für solche Fragen.

[mFedi]

Schau mal auf der EBI homepage:
http://www.ebi.ac.uk/Tools/
Die haben zum Beispiel Clustal: http://www.ebi.ac.uk/clustalw/index.html
und auch ein Visualisierungstool dazu (http://www.jalview.org/).

Ansonsten einfach googlen nach "Sequence Alignment". Kommerzielle Standalone Programme die das auch können sind z.B. DNAStar und DNAMAN, vielleicht hat Deine Uni ja eine Lizenz.
Davon abgesehen ist das hier wohl nicht das richtige Forum für solche Fragen.

moin danke, für die tips!
Ich habe mittlerweile schon dieses hier gefunden:http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/dialign/submission.html

Für meine Zwecke war dies ausreichend. Es bietet zwar keine schöne vereinfachte graphische Auswertung, aber mit der ausgabedaten konnte ich dann mein Problemfall lösen. Ein clustalW hat das Problem die Blöcke zu eng zu fassen und Nukleotid zu Nukleotid bzw AS/AS alignen zu wollen. Über eine andere im Netz verfügbare Diplomarbeit bin ich auf den obigen für mich perfekten Link mit der Kombination Chaos/Dalign gekommen.

Für eine Anfrage an dieses Forum habe ich mich entschieden, weil ich evtl ein paar Bioinformatiker hier erwarten könnte. Dachte wäre sinnvoll...